Anche io ricordo che all'inizio avevo difficoltà con quelle note. In una certa misura penso che sia normale. Ti suggerirei il primo esercizio del Clarke (quello cromatico), suonato piano e lento, cercando proprio di uniformare le note. L'altra cosa che potresti provare è vedere se il problema c'è anche scendendo dal sol centrale cromaticamente.
E' molto probabile però che sia tutto legato al corretto uso della pompa del terzo pistone, perché l'orecchio vuole sentire la nota intonata, ma se la pompa non è al posto giusto fatalmente la nota sarà o centrata e stonata, o intonata e fuori centro. Prova a "giocare" un po' con la pompa per abituarti a sentire la posizione giusta.